შიდა კონტროლის დეპარტამენტის ფუნქციებია:

• სააგენტოს სტრუქტურული ერთეულებისა და პრობაციის ბიუროების საქმიანობის კანონმდებლობასთან და მოქმედ სამართლებრივ აქტებთან შესაბამისობის შემოწმება/მონიტორინგი;
• სააგენტოს შინაგანაწესის შესრულების კონტროლი;
• სააგენტოში მიმდინარე პროცესების და საქმიანობის სფეროების მონიტორინგის შედეგებზე ანგარიშების მომზადება და სააგენტოს უფროსისთვის წარდგენა;
• სააგენტოში შემოსული საჩივრებისა და განცხადებების განხილვა, სააგენტოს მოსამსახურეთა მიერ ჩადენილი დარღვევების ფაქტებზე სატელეფონო შეტყობინებების მიღება და შესაბამისი რეაგირება;
• სააგენტოში სამართალდარღვევის, დისციპლინური გადაცდომის ან/და სააგენტოს მიზნებთან შეუსაბამო ქმედების არსებობის შესახებ ცნობებთან (განცხადება, წერილი, საჩივარი, შეტყობინება, სხვა ინფორმაცია ან ფაქტი) დაკავშირებით დისციპლინური წარმოების ჩატარება, დასკვნის მომზადება და სააგენტოს უფროსისთვის წარდგენა;
• სააგენტოს მოსამსახურეთა სამსახურებრივი დისციპლინის შემოწმება, გამოვლენილი დისციპლინური გადაცდომების შესწავლისა და ანალიზის საფუძველზე სათანადო რეკომენდაციებისა და პრევენციული წინადადებების შემუშავება და სააგენტოს უფროსისთვის წარდგენა;
• სააგენტოში ინტერესთა კონფლიქტის ფაქტების გამოვლენა და შესაბამისი რეაგირება;
• სამსახურის საქმიანობის შესახებ ყოველწლიური ანგარიშების მომზადება და სააგენტოს უფროსისთვის წარდგენა;
• სააგენტოს შენობაში და მის ტერიტორიულ ორგანოებში მომუშავე მოსამსახურეთა სამსახურში მოსვლისა და სამსახურიდან წასვლის აღრიცხვის ელექტრონული სისტემის ადმინისტრირება; 
• სხვა საქმიანობა, რომლებიც გამომდინარეობს სააგენტოს მიზნებიდან და არ ეწინააღმდეგება საქართველოს კანონმდებლობას.